Algum tempo após os eventos envolvendo o Burst Linker Dusk Taker, Kuroyukihime relembra como recrutou Haruyuki Arita para o programa "Brain Burst" — um aplicativo que permite aos jogadores acelerar suas funções cognitivas até o ponto em que o tempo parece parar. Desde que entrou no programa, Haruyuki ganhou fama entre os outros Burst Linkers e tem ajudado Kuroyukihime a alcançar seu objetivo de chegar ao nível mais alto do jogo. Durante uma batalha territorial com sua legião, Nega Nebulus, Haruyuki e seus amigos são expulsos do programa após uma tempestade destrutiva dentro do jogo. Por toda Tóquio, câmeras de segurança começam a falhar, o que leva Kuroyukihime a deduzir que isso está relacionado ao erro no Brain Burst. Determinada a resolver o problema, a Nega Nebulus precisa recrutar outras legiões para encontrar a origem do distúrbio e restaurar a habilidade de aceleração.