Taichi Yagami e seus amigos avançaram para o ensino fundamental II, mas, a essa altura, perderam contato com seus parceiros Digimon. Taichi fica, portanto, surpreso ao receber subitamente um chamado de socorro, convocando-o para o Mundo Digital. Chegando lá, ele descobre que os Digimon estão vivendo com medo do misterioso Digimon Emperor, que de alguma forma está suprimindo a habilidade deles de Digivolver! No mundo real, Hikari Yagami e Takeru Takaishi se reencontram na mesma turma da quinta série. Eles compartilham três colegas de escola: Daisuke Motomiya, que lembra a ambos Taichi; Miyako Inoue, uma maga da tecnologia; e Iori Hida, vizinho de Miyako. Quando essas três crianças recebem os Digivices "D-3", elas — junto com Hikari e Takeru, que ainda possuem seus Digivices originais — formam a nova geração de "Crianças Escolhidas" que devem salvar o mundo mais uma vez. Com o poder dos Digi-Ovos Blindados, eles devem frustrar os planos do Digimon Emperor de espalhar sua influência por todo o Mundo Digital.