As Crianças Escolhidas foram reunidas com seus parceiros Digimon, que não se lembram mais delas devido aos efeitos de uma redefinição digital. Enquanto todos tentam se reconectar com seus monstros digitais, Sora Takenouchi encontra resistência de Piyomon, que se recusa teimosamente a falar com ela. De repente, um ataque de um Digimon hostil separa o grupo, espalhando-os e seus Digimon pelo Mundo Digital. De volta ao mundo humano, Daigo Nishijima, da Agência Administrativa Incorporada, recebe um aviso de que uma nova entidade está em busca de "Libra", que ele acredita ser um codinome para Meicoomon. Por alguma razão, Meicoomon retém todas as suas memórias e, portanto, ainda se lembra de sua parceira Meiko Mochizuki, que veio sozinha ao Mundo Digital para encontrá-la. Se esperam identificar que outras forças têm impulsionado os incidentes até agora, as Crianças Escolhidas devem sobreviver aos obstáculos do recriado Mundo Digital e fazer seu caminho de volta para casa.