Quinze anos após um evento cataclísmico conhecido como o Segundo Impacto, o mundo enfrenta uma nova ameaça: seres celestiais monstruosos chamados Anjos invadem Tóquio-3 um por um. A humanidade é incapaz de se defender contra os Anjos, apesar de utilizar suas mais avançadas munições e táticas militares. A única esperança para a salvação humana reside nas mãos da NERV, uma organização misteriosa liderada pelo frio Gendou Ikari. A NERV opera robôs humanoides gigantes apelidados de "Evangelions" para combater os Anjos com armamentos avançados de última geração e barreiras protetoras conhecidas como Campos de Força Absoluta. Anos depois de ser abandonado por seu pai, Shinji Ikari, filho de Gendou, de 14 anos, retorna a Tóquio-3. Shinji trava uma batalha interna perpétua contra o trauma profundamente enterrado causado pela perda de sua mãe e pela negligência emocional que sofreu nas mãos de seu pai. Aterrorizado em se abrir para outra pessoa, a vida de Shinji muda para sempre ao conhecer Misato Katsuragi, de 29 anos, uma oficial de alto escalão da NERV que lhe mostra uma bondade maternal de espírito livre que ele nunca havia experimentado. Um devastador ataque de Anjo força Shinji a agir, quando Gendou revela seu verdadeiro motivo para convidar seu filho de volta a Tóquio-3: Shinji é o único garoto capaz de pilotar eficientemente a Unidade-01 do Evangelion, um novo robô que se sincroniza com suas biometrias. Apesar do brutal trauma psicológico causado por pilotar um Evangelion, Shinji defende Tóquio-3 contra a ameaça angelical, alheio às maquinações sombrias de seu pai.