A Mithril, uma instituição militar secreta que usa tecnologia de ponta para combater operações terroristas, designa uma equipe especializada para uma missão delicada. Sob o comando da oficial superior Melissa Mao, os sargentos Sousuke Sagara e Kurz Weber devem proteger secretamente Kaname Chidori—uma adolescente que detém inconscientemente conhecimentos científicos inovadores e é considerada uma "Whispered"—de agências de inteligência e outras organizações que buscam suas habilidades. Enquanto Kurz e Melissa o auxiliam remotamente, Sousuke se matricula no ensino médio de Kaname como um de seus colegas de classe para monitorá-la de perto. No entanto, sua criação militarista e suas poucas habilidades sociais levam a uma difícil adaptação à vida civil. Ele não só atrai atenção desnecessária, mas suas ações frequentemente deixam Kaname desconfiada dele. Apesar das tentativas sinceras de cumprir seu dever, uma emboscada terrorista complica ainda mais a tarefa de Sousuke. Reconhecendo o mestre cruel por trás do ataque, Sousuke abandona suas ordens para garantir a segurança de Kaname.