Perseguindo um alquimista fugitivo com poderes estranhos, os irmãos Edward e Alphonse Elric acabam chegando ao miserável vale de Milos. Os milosianos são um povo oprimido que busca recuperar sua terra sagrada das mãos de Creta, um país militarista que anexou à força sua nação. No centro desse turbilhão político está Julia Crichton, uma garota que deseja fervorosamente que os Milos recuperem sua força e voltem a ser uma nação de paz. Ao fazer amizade com a garota, Edward e Alphonse se veem no meio de uma resistência crescente que envolve o uso do objeto que eles têm buscado por tanto tempo — a Pedra Filosofal. No entanto, suas experiências passadas com a pedra os deixam cautelosos, e os irmãos relutam em ajudar. Mas, à medida que descobrem os segredos por trás das intenções de Creta e sua história questionável, os irmãos acabam sendo arrastados para o conflito entre os rebeldes de Milos, que lutam por liberdade, e os militares cretenses, que almejam poder absoluto.