Já faz um século desde que a "verdadeira magia" — inicialmente considerada mera lenda e folclore — se tornou tecnologia comum em todo o mundo. A Primeira Escola Superior Afiliada à Universidade Nacional de Magia (First High), uma das nove academias de magia no Japão, admite dois irmãos habilidosos — Miyuki e Tatsuya Shiba — na academia. A First High divide seus alunos em dois grupos, Curso 1 e Curso 2, com base nas notas do exame de admissão. Isso causa um aparente desprezo pelos alunos do Curso 2, pois são rotulados de "Ervas Daninhas" pelos alunos do Curso 1, que alternativamente se autodenominam "Flores". Tatsuya é admitido no Curso 2, enquanto sua irmã Miyuki ingressa no Curso 1 como aluna de honra. Miyuki deseja mostrar à First High que, apesar de seu irmão ser rotulado como inepto, ele está entre os melhores magos do mundo inteiro. Mahouka Koukou no Yuutousei reconta a história de Mahouka Koukou no Rettousei do ponto de vista de Miyuki e das outras personagens femininas.