No ano Era Cósmica 0071, uma briga de guerra entre dois mobile suits resulta na destruição de um país neutro. Shinn Asuka vê toda a sua família ser morta como vítimas da violência, e jura sua vida a uma busca vingativa contra as forças Naturais da Terra, sob a impressão de que elas foram as responsáveis pela morte de sua família. Shinn sobe na hierarquia das forças militares da ZAFT, eventualmente ganhando acesso ao cockpit do protótipo mobile suit Impulse. Athrun Zala, um veterano da guerra recente empregado a serviço da diplomata Cagalli Yula Athha, vê-se arrastado para um novo conflito entre os Naturals e os Coordinators: seres humanos artificialmente aprimorados antes do nascimento e odiados pelos Naturals por suas vantagens biológicas. À medida que a nova guerra se anuncia e a violência se torna inevitável, Athrun se vê como um mentor para o amargurado Shinn. Athrun deve guiar o jovem piloto para uma mentalidade de misericórdia antes que sua raiva e desejo de vingança o consumam.