Em um universo familiar, mas diferente, a tímida intelectual e gamer Yuki Nagato é a presidente do Clube de Literatura da Escola de Ensino Médio North. Suas amigas, a excessivamente cautelosa Ryouko Asakura e o completamente comum Kyon, são os únicos outros membros do clube. No entanto, Yuki desfruta da paz e tranquilidade que ela compartilha com eles, especialmente quando está com Kyon, por quem ela tem uma paixão. Adicionadas à mistura estão Tsuruya e Mikuru Asahina, duas amigas com personalidades opostas que frequentemente passam no Clube de Literatura. Enquanto caminhava de volta para seu apartamento em um dia frio de dezembro, Yuki é coagida a desenhar símbolos estranhos no chão por uma garota que supostamente tentava capturar Papai Noel. A garota se apresenta como Haruhi Suzumiya, uma estudante excêntrica da prestigiada Academia Kouyouen que está à caça de alienígenas, viajantes do tempo e espers. Quando Haruhi e seu amigo Itsuki Koizumi fazem uma aparição repentina na sala do clube, eles se declaram como membros oficiais do Clube de Literatura, com Haruhi assumindo a residência como presidente executiva. Com os dias tranquilos do Clube de Literatura agora para trás, Yuki e seus amigos se envolvem em uma série de desventuras sob a liderança de Haruhi—com cada incidente aproximando Yuki e Kyon mais do que nunca.