Após serem enviados para investigar o alarmante desaparecimento de quatro ninjas que possuíam "limites de linhagem sanguinea" de diferentes países, Kakashi Hatake, Naruto Uzumaki, Sakura Haruno e Sai descobrem com sucesso o paradeiro deles e informam a Hokage. Inesperadamente, os planos de Tsunade desmoronam quando Hiruko — o mentor por trás do incidente e também um ex-ninja de Konohagakure obcecado por poder — aparece para anunciar que absorveu as habilidades únicas dos ninjas desaparecidos. À beira de se tornar invencível, ele busca mais um "limite de linhagem sanguinea" antes de iniciar uma guerra total para dominar o mundo. Como as conexões passadas de Konohagakure com Hiruko levantam suspeitas entre as nações sobre seu envolvimento no caso, Tsunade recebe um ultimato para resolver a crise. Sem outra escolha, ela decide seguir a liderança de Kakashi depois que ele apresenta um plano ousado, porém salutar — uma proposta que pode enviá-lo para a morte certa. No entanto, Naruto se opõe a tal plano! Apesar da decisão da Hokage, ele está determinado a salvar a vida de seu professor, mesmo que isso signifique lutar contra amigos e inimigos.