Durante a discussão de uma investigação delicada, o Quarto Raikage, A, e seus subordinados são emboscados por um invasor encapuzado. Enquanto o líder de Kumogakure repele o ataque, ele fica chocado ao descobrir que o culpado é Naruto Uzumaki! No entanto, a tentativa de assassinato não é o único crime atribuído ao jovem ninja, que nega veementemente as acusações. Para evitar um conflito diplomático, Tsunade o envia à força para o Castelo Houzuki de Kusagakure — uma penitenciária de segurança máxima dedicada a criminosos ninja — até que a situação seja resolvida. Apesar de seus poderes serem imediatamente suprimidos por Mui, o diretor da prisão que possui a capacidade de selar chakra, Naruto se engaja imprudentemente em tentativas fúteis de fuga. Mas com a ajuda de dois colegas de cela, ele percebe que há mais nesta lendária instalação de detenção do que aparenta. Desvendando um segredo terrível, o trio embarca em uma operação perigosa que pode ser a única chance de Naruto se libertar e provar sua inocência.