Em um novo dia na região de Kanto, Satoshi é convidado pelo Professor Yukinari Ookido para a cerimônia de abertura do laboratório do Professor Sakuragi na Cidade de Vermillion. Durante o discurso cerimonial, o Professor Sakuragi recebe um alerta sobre um Pokémon possivelmente raro aparecendo no porto da Cidade de Vermillion, levando Satoshi e os outros treinadores a correrem para a área na esperança de encontrar o misterioso Pokémon. No porto, eles encontram Lugia — um Pokémon Lendário — engajado em combate com outros treinadores. Percebendo as táticas dos outros treinadores, Satoshi faz seu parceiro, Pikachu, atacar Lugia com um Raio. Inabalável, Lugia foge, mas não antes de Satoshi pular decididamente em suas costas. Para a surpresa de Satoshi, ele encontra outro garoto, Gou, que também pulou nas costas de Lugia. Os dois viajam nas costas de Lugia enquanto ele os leva em uma aventura bizarra pelos mares. Ao deixá-los de volta em terra, Satoshi e Gou se despedem de Lugia e retornam ao Instituto Sakuragi. Impressionado com as descobertas de Gou e a percepção de Satoshi durante o encontro deles, Sakuragi solicita que a dupla seja seus novos parceiros de pesquisa. E assim começa a jornada da dupla, viajando por múltiplas regiões para encontrar muitos Pokémon novos — incluindo alguns que têm a habilidade de Gigantamax!