Um ano e meio após os eventos do thriller psicológico de ficção científica original, Akane Tsunemori continua seu trabalho como inspetora—fazendo cumprir os julgamentos do Sistema Sibyl. Juntam-se a ela novos executores e a inspetora júnior Mika Shimotsuki, uma jovem mulher cega e inflexivelmente leal a Sibyl. Enquanto Akane pondera tanto sobre a natureza de seu trabalho quanto sobre a legitimidade dos veredictos de Sibyl, uma nova e perturbadora ameaça surge. Uma figura misteriosa descobriu uma maneira de controlar o Coeficiente de Crime—um número compilado a partir de exames mentais que permite a Sibyl avaliar a saúde psicológica e identificar criminosos em potencial. Através desses meios, ele é capaz de assassinar um executor, deixando para trás uma pista enigmática: "WC?" rabiscado em sangue em uma parede. Akane e o resto da Divisão 01 logo se encontram jogando um jogo mortal contra seu novo inimigo, deparando-se com uma conspiração que ameaça não apenas a autoridade do Sistema Sibyl, mas a própria base das convicções de Akane.