Devido ao incrível sucesso do Sistema Sibyl, o Japão começou a exportar a tecnologia para outros países com a esperança de que um dia ela seja usada em todo o mundo. Para testar sua eficácia em um local estrangeiro, o estado devastado pela guerra da União do Sudeste Asiático (SEAUn) decide implementar o sistema, na esperança de trazer paz e estabilidade à cidade de Shambala Float e manter a população sob controle. No entanto, um grupo de terroristas anti-Sibyl chega ao Japão, e o Departamento de Segurança Pública do Ministério da Saúde descobre evidências significativas de que os invasores estão sendo auxiliados por Shinya Kougami, um ex-Executor que se tornou um foragido. Por causa de seu relacionamento passado, Akane Tsunemori é enviada para a SEAUn para trazê-lo de volta, mas com o último encontro deles tendo acontecido anos no passado, a reunião deles pode não sair exatamente como planejado.