Em 2113, o Ministério das Relações Exteriores (MRE) dissolveu sua unidade paramilitar secreta conhecida como Peacebreakers. No entanto, o esquadrão desapareceu, e suas atividades permaneceram um mistério. Cinco anos depois, os Peacebreakers reaparecem quando assassinam Milcia Stronskaya, uma cientista em posse de documentos altamente confidenciais essenciais para o futuro do Sistema Sybil—a estrutura de vigilância do Japão que detecta criminosos em potencial na sociedade. Para investigar o incidente e se preparar para um confronto contra os Peacebreakers em coordenação com o MRE, o chefe do Bureau de Segurança Pública decide recrutar o ex-Executor Shinya Kougami de volta à força. Tendo desertado anos atrás, Kougami atualmente trabalha para o MRE sob o comando de Frederica Hanashiro. O retorno de Kougami cria tensões entre ele e seus ex-colegas Akane Tsunemori e Nobuchika Ginoza, mas eles devem deixar de lado seus rancores passados para se concentrarem em garantir a segurança do Sistema Sybil.