Dois anos se passaram desde a invasão da CCG a Anteiku. Embora a atmosfera em Tóquio tenha mudado drasticamente devido à crescente influência da CCG, os ghouls continuam a ser um problema, pois começaram a ter cautela, especialmente a organização terrorista Árvore Aogiri, que reconhece a crescente ameaça da CCG à sua existência. A criação de uma equipe especial, conhecida como Esquadrão Quinx, pode fornecer à CCG o impulso necessário para exterminar os residentes indesejados de Tóquio. Como humanos que passaram por cirurgia para usar as habilidades especiais dos ghouls, eles participam de operações para erradicar as criaturas perigosas. O líder deste grupo, Haise Sasaki, é um meio-ghoul, meio-humano que foi treinado pelo famoso investigador de classe especial, Kishou Arima. No entanto, há mais neste jovem do que aparenta, pois memórias desconhecidas o assombram, lembrando-o lentamente da pessoa que ele costumava ser.