Pintada de vermelho, a palavra "VON" é tudo o que resta após um ataque terrorista a uma instalação nuclear no Japão. O governo está abalado por sua incapacidade de agir, e a polícia busca freneticamente maneiras de prender os culpados. O público está sem pistas — até que, seis meses depois, um vídeo estranho surge na internet. Nele, dois adolescentes que se identificam apenas como "Sphinx" desafiam diretamente a polícia, ameaçando causar destruição e caos em Tóquio. Incapaz de conter o pânico em massa que se espalha rapidamente pela cidade e desesperada por qualquer pista em sua investigação, a polícia luta para agir eficazmente contra esses terroristas, com o Detetive Kenjirou Shibazaki pego no meio de tudo. "Zankyou no Terror" conta a história de Nine e Twelve, os dois garotos por trás das figuras mascaradas de Sphinx. Eles não deveriam existir, mas permanecem firmes em um mundo de engano e segredos enquanto fazem a cidade desabar ao seu redor, tudo na esperança de enterrar sua própria verdade trágica.